L'antico monastero di San Giovanni di Marzano (anticamente detto "Monasterium Sancti Ioannis de Marzano" o anche "Abbatia de Marzano") è ubicato a ridosso della cima del Monte Pagliaiolo e si affaccia sulla valle percorsa dal torrente Aggia, lungo la strada che collegava Lippiano a Cortona, nei pressi di Marzana, non lontano dal confine con la Toscana.