L’attuale basilica santuario intitolata alla santa, è una costruzione moderna, edificata nell'arco di nove anni, dal 1938 al 1947, in sostituzione di una precedente, ricostruita nel 1557 e già dedicata a Santa Rita. La struttura della chiesa attuale - che fu proclamata Basilica minore da Pio XII nel 1955 - è a croce greca, con quattro absidi coperte da semicupole alle estremità dei bracci, mentre al centro è una grande cupola ottagonale; lungo il perimetro dell'edificio si aprono sessantadue monofore, disposte in due ordini. La facciata è in travertino di Tivoli, tripartita in altezza, in essa campeggia, nella parte mediana, una grande croce fiancheggiata da angeli, inserita in una finestra con la terminazione ad arco; all'estremità della facciata sono due alte torri campanarie con le cuspidi molto slanciate rivestite in rame, come la cupola ottagonale che sovrasta la pianta centrale.

L'abside centrale è dedicata al Sacramento e al Miracolo eucaristico della reliquia Corporis Christi; la destra a Santa Maria della Consolazione, la sinistra a Santa Rita, mentre quella del braccio d'ingresso, alla Passione di Cristo. La zona centrale è delimitata da un ambulacro di trentadue colonne, alcune di marmo onice rosato ed altre di cemento armato rivestito di tessere vitree di colore verde; al termine delle colonne, i capitelli dorati scolpiti con vari simboli, sormontati dal pulvino, elemento presente nelle chiese bizantine. Nel secondo ordine corre un matroneo, galleria riservata alle donne, in questo caso alle monache agostiniane di clausura, ugualmente ispirato alle chiese paleocristiane e bizantine.

Nell'aprile 1988 è stata inaugurata anche una Basilica Inferiore, molto moderna, sempre con la pianta a croce greca, nata su una vecchia cripta aperta al pubblico nel per accogliere un'importantissima reliquia, legata ad un miracolo liturgico, il Corpus Christi o Sacra Reliquia, cioè la pagina del breviario di un sacerdote senese che nel 1330 si recò al capezzale di un morente, mettendo tra le pagine del libro, in maniera irriverente, l'ostia consacrata: quando, giunto a destinazione, aprì il breviario la trovò liquefatta. Il prete senese consegnò il breviario al Beato Simone Fidati di Cascia, agostiniano, che all'epoca era predicatore a Siena, il quale portò il libro a Perugia, dove le due pagine che recavano l'impronta dell'ostia liquefatta furono poste in due reliquiari: uno venne portato nel convento di Sant'Agostino di Cascia, e l'altro rimase a Perugia, da cui fu rubato verso la metà del secolo scorso. Il culto della reliquia del Corpus Christi fu riconosciuto da Bonifacio IX nel 1410, con una bolla.

La cappella del Miracolo si trova nel braccio destro, dove sono sistemate anche le ossa del Beato Simone Fidati, in un masso di travertino; sopra, opera di Armando Marrocco, il reliquiario con l'oggetto miracoloso e un pannello contenente una riproduzione ingrandita di esso, nella quale si può cogliere, nella macchia circolare dell'ostia divenuta liquido sangue, il disegno di un profilo umano, che ricorda il capo di Cristo coronato di spine. Accanto alla cappella della reliquia della Sacra Particola, è la Sala del Tesoro, che contiene numerosi ex-voto; viene aperta la pubblico in orari prestabiliti.

Tra la Basilica Superiore e l'Inferiore scendendo, a sinistra, collegata con le due chiese dall'interno tramite una scala elicoidale, si trova la Penitenzieria, è aperta nei periodi di maggiore affluenza, ma si può chiedere di visitarla anche quando è chiusa. In essa viene celebrato il sacramento del perdono; vi sono sempre sacerdoti confessori a disposizione nelle lingue più diffuse, però si può entrare anche per una semplice visita.

All'esterno della Penitenzieria il pellegrino vede la fonte della vita, una grande roccia spaccata; dentro le fessure scorre dell'acqua, alcuni colombi in bronzo si recano a bere.